Soportan la información generada en la investigación científica y sirven como base para conocer, conservar y utilizar sosteniblemente la base natural del país.
Las colecciones biológicas son producto de diferentes procesos de investigación y siguen estándares de procesamiento, curaduría y acceso que permite mantener los ejemplares en buen estado y disponibles para consulta siguiendo los protocolos de uso.
Herbario Amazónico Colombiano COAH, es la primera colección incluida en el Registro Nacional de Colecciones Biológicas, la cual contribuye al inventario nacional de la biodiversidad. Posee cerca de 100.000 ejemplares botánicos y aproximadamente 8.200 especies, producto de colectas realizadas por el Instituto en áreas estratégicas de la Amazonia colombiana, el intercambio de ejemplares y la donación de otras entidades que realizan investigación en la región Amazónica.
Se encuentra residenciada en la Sede enlace Bogotá.
La Colección Ictiológica de la Amazonia Colombiana CIACOL, tiene como objetivo primordial preservar y mantener documentada la biodiversidad íctica de la región amazónica mediante técnicas de curaduría especializada.
Se encuentra residenciada en la Sede Principal en Leticia y cuenta con cerca de 17.000 ejemplares entre peces óseos y cartilaginosos agrupados en 3118 registros y 656 especies. El 80% de los especímenes están determinados a nivel de especie.
La Colección de Macro invertebrados Acuáticos de la Amazonia Colombiana COMAC, su finalidad es dar a conocer la biodiversidad de los insectos y otros invertebrados acuáticos y que además sirven como base para el uso de índices de calidad ambiental y estudios ecológicos. Cuenta con 83.496 individuos, organizados en 6.212 registros provenientes de sitios muestreados entre los 58 y los 20.59 m.s.n.m incluyendo ecosistemas acuáticos compuestos por aguas negras, blancas y transparentes. En términos taxonómicos, está compuesta por 48 órdenes, 197 familias y 395 géneros. A pesar de la complejidad del grupo se ha avanzado en la identificación de 29 especies a nivel de ordenes Díptera (moscas y mosquitos) es el mejor representado, seguido por los órdenes Coleóptera (escarabajos), Ephemeroptera (efímeras), Hemíptera (chinches) y Odonata (libélulas).
Se encuentra residenciada en la Sede Principal en Leticia.
Las colecciones de anfibios y de reptiles contienen ejemplares de la Amazonia colombiana que constituyen la base para conocer, conservar y utilizar sosteniblemente los recursos naturales del país. Buscan promover y generar conocimiento acerca de la diversidad de estos grupos y de su estado de conservación. Ambas colecciones son el resultado del trabajo de campo realizado por el grupo de fauna, la donación y el depósito de ejemplares. La colección de anfibios se encuentra alojada en la sede Bogotá y cuenta actualmente con 5856 ejemplares catalogados y 135 especies identificadas; la colección de reptiles se aloja en la Sede Principal en Leticia y cuenta con 2756 ejemplares catalogados, 149 especies identificadas que incluyen crocodílidos, tortugas, serpientes y lagartos.
