Los laboratorios y áreas de investigación del Instituto SINCHI desarrollan sus actividades en las Sedes: Principal Leticia, Florencia y de enlace Bogotá,
Área de limnología y de ictiología, Localizada en la sede principal Leticia, donde se realiza análisis de perifiton, fitoplanton y ticoplancton y de peces de los ecosistemas acuáticos de la región.
Área de procesamiento de agroindustria, Localizada en la sede principal Leticia, es un espacio de investigación diseñado bajo condiciones que permiten el desarrollo de productos nutraceuticos, agroalimentarios e ingredientes naturales de la región amazónica. El espacio de procesamiento está diseñado cumplimento con los requisitos higiénicos sanitarios establecidos en la normatividad colombiana en especial el decreto 2278 de 2013.
Laboratorio de bioensayos, Localizado en la sede principal Leticia, realiza marchas analíticas de diferentes muestras.
Laboratorio de microbiología, Localizado en la sede principal Leticia, realiza estudios de grupos biológicos del suelo, análisis microbiológicos y ensayos asociados a los procesos de caracterización de suelos amazónicos.
Laboratorio de uso y aprovechamiento de la biodiversidad, Localizado en la sede de enlace Bogotá, realiza ensayos relacionados con caracterización de frutales en cuanto a su composición química, basado en la cuantificación y detección por cromatografía de gases y cromatografía líquida.
Laboratorio de biotecnología y recursos genéticos, Localizado en la sede de enlace Bogotá, realiza estudios de la diversidad de flora, microorganismos, peces y anfibios de la Amazonia colombiana a través de uso de herramientas moleculares como amplificación por PCR y secuenciación tipo Sanger de genes (marcadores genéticos para plantas, anfibios y microorganismos) y PCR cuantitativa (qPCR) para determinar la abundancia de genes funcionales en comunidades microbianas de ambientes naturales, así como el estudio de la estructura microbiana por técnicas de secuenciación de siguiente generación (Illumina MiSeq). El laboratorio cuenta con equipos robustos y metodologías estandarizadas para el estudio molecular de diversos grupos biológicos con potencial ecológico y biotecnológico para la región.
Laboratorio de fitopatología, Localizado en Florencia en la Universidad de la Amazonia, realiza técnicas de aislamiento y caracterización de patógenos fúngicos de plantas y analiza indicadores de respuesta fisiológica al estrés biótico producido por estos agentes microbianos.
Laboratorio de bromatología, Localizado en la sede San José del Guaviare, realiza determinación de la composición fisicoquímica de cualquier parte de una planta para determinar su calidad nutricional. Esta información es utilizada para el desarrollo de tablas nutricionales de alimentos y aporta información para determinar el perfil de uso de una planta.