Los registros de fauna incluyen 8736 registros de aves que corresponden a 764 especies, 70 familias y 444 géneros. El mayor número de registros está concentrado en los departamentos de Guainía y Vaupés mientras que el oeste del Putumayo, el Amazonas y sur del Meta cuentan con el menor número de registros hasta el momento.
Para mamíferos se cuenta con 1950 registros, 670 de pequeños mamíferos y 1280 de mamíferos medianos y grandes. Los pequeños mamíferos están representados por 107 especies, 11 familias, 58 géneros. Los departamentos mejor representados son Vaupés y Guaviare mientras Amazonas y Sur del Vichada tienen el menor número de registros. Para mamíferos medianos y grandes se cuenta con registros de 65 especies, 56 géneros y 26 familias; Guaviare y Vaupés corresponden a los departamentos con mayor número de registros mientras que Guainía, Sur del Meta y Amazonas cuentan con el menor número de registros para el grupo. Hasta el momento para el departamento del Putumayo no se tienen registros de mamíferos. Tampoco se cuenta con registros de pequeños mamíferos para Guainía y Sur del Meta.
